Téléchargement du logiciel STACOMI R

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Version 0.4

Avant de tester la version 0.3, d'importants changements doivent être effectués sur la base et un nom d'organisme doit vous être attribué, contactez Cédric

téléchargement version R 2.14.0

• Les sources sont ici pour le package stacomi : source:trunk/sources/0.4/R2.14.0/stacomiR_0.4.zip source:trunk/sources/0.4/R2.14.0/stacomiR-manual.pdf, attention la documentation est encore incomplète.
• Les sources sont ici pour le package stacomirtools : source:trunk/sources/0.4/R2.14.0/stacomirtools_0.2.zip source:trunk/sources/0.4/R2.14.0/stacomirtools-manual.pdf

• Les sources sont ici pour le package stacomi (windows 7 si vous avez un fichier nommé c:/program files (x86)) : source:trunk/sources/0.3/R2.10.1x86/stacomiR_0.3.1605.zip

téléchargement version R 2.12.1

• Les sources sont ici pour le package stacomi : source:trunk/sources/0.3/R2.12.1/stacomiR_0.3.2704.zip
• notes d'installation : source:trunk/sources/0.3/R2.12.1/lisez-moi.txt

instructions d'installation

1. - dans R cliquez sur package > installer des packages depuis des fichier zip.. > et pointer vers ggplot2usr.zip
2. - idem pour stacomi.zip
   
3. - télécharger les dépendances (les packages utilisés par le logiciel) en tappant sous R le script qui suit

   libraries=function() {
   necessary = c('tcltk2', 'RODBC','ggplot2','gWidgets' ,'R2HTML','gWidgetsRGtk2',
   'lattice','RColorBrewer','Rcmdr','proto','xtable','XML','svMisc','Hmisc','stringr')
   if(!all(necessary %in% installed.packages()[, 'Package']))
   install.packages(necessary[!necessary %in% installed.packages()[, 'Package']], dep = T)
   require('tcltk2')
   require('ggplot2')
   require('gWidgets')
   require('RODBC')
   require('Hmisc')
   options(guiToolkit = "RGtk2")
   require('lattice')
   require('RColorBrewer')
   require('ggplot2usr')
   require('proto')
   require('xtable')
   #require('Hmisc')
   require('XML')
   require('svMisc')
   require('stringr')
   }
   libraries()
   

Les packages devraient être téléchargés et installés par R

Test de l'installation

StacomiR TestInstall

Installation en mode commande

dans R tapper
normalement le premier devrait télécharger le second, lancez la première ligne

install.packages("stacomiR", repos="http://R-Forge.R-project.org")
install.packages("stacomirtools", repos="http://R-Forge.R-project.org") 

mettre à jour depuis une ancienne version de R

Pour utiliser les téléchargements ci dessus vous devez avoir une version à jour de R. Voici la procédure pour avoir tout ce qu'il faut dans cette version

• Installer la nouvelle version
• Copier les dossier contenus dans le sous dossier library de R dans la nouvelle version (en prenant soin de ne pas écraser les library téléchargées par défaut, pas besoin)
• puis dans R tapper

  update.packages(checkBuilt=TRUE, ask=FALSE)