Changes between Initial Version and Version 1 of StacomiJava Migrations Lot

Timestamp:

Feb 14, 2010 1:27:39 PM (15 years ago)

Author:

cedric

Comment:

--

StacomiJava Migrations Lot

@@ +1 @@
+= Lot =
+
+Retour à [wiki:"StacomiJava Migrations"]
+
+ 1. __Ajouter / Modifier / Supprimer un lot__
+      * Informations
+      * Taille Poids Stade
+      * Caractéristiques
+      * Pathologies
+      * Marques
+      * Prélèvement
+      * Opération de marquage
+
+[[BR]]
+[[BR]]
+Sandre : MCD station de contrôle des migrations du 16/06/1998, modifié 2003.
+
+Les lots correspondent aux effectifs de poissons ayant transition dans un dispositif de comptage (DC) lors d’une opération de contrôle des migrations.
+
+[[Color(none,#ab17df,IMPORTANT : Un lot correspond toujours à un taxon et un stade, car les échappements au dispositif sont calculés par stade (ils vont par exemple différer entre le stade smolt et le stade adulte). De même, lors des traitements, les analyses vont se faire pour un taxon et un stade. Il est donc important de bien rentrer toujours les mêmes stades et les mêmes taxons. Par exemple, pour les contrôles vidéo sur les parties très aval des fleuves, il n’est généralement pas possible de distinguer la grande alose et l’alose feinte. Il est possible de choisir que la migration des Aloses se fait pour le genre Alosa, et pour le stade géniteur ou indéterminé. Il faudra par la suite rester en cohérence avec ce choix initial.)]]
+
+[[Color(none,#ab17df,Pour les civelles, il n’est généralement pas possible de dénombrer les individus et les civelles sont donc pesées. A la place d’individus dans la fenêtre ci-dessous vous pouvez choisir poids. Attention, il faudra alors renseigner les coefficients de conversion poids effectif. Le calcul et le ré-import de ces coefficients peut se faire à l’aide de régressions sinusoïdales dans le logiciel R. (cf. section)]] [wiki:"Bilan sur les poids moyens"][[Color(none,#ab17df,). Dans les bilans de migration, les poids seront convertis en effectifs, et les lots rentrés sous forme d’effectif (en été quand les civelles sont peu nombreuses) seront converties sous forme de poids. Il est utile pour caler les régressions de prendre à intervalle régulier des lots pour lesquels on va mesurer le poids et dénombrer les civelles. Ces mesures doivent respecter les conditions de terrain (sans trop égoutter les civelles par exemple.)]]
+
+[[Color(none,#ab17df,=> N’ENTREZ PAS DE POIDS DANS LES QUANTITÉS DE LOT A MOINS QUE VOUS LES UTILISIEZ POUR DÉNOMBRER PAR LA SUITE !!! Les poids sont rentrés dans l’onglet caractéristique. De toute façon, vous ne pouvez rentrer dans la base à la fois une quantité de lot et un effectif.)]]
+
+[[BR]] 
+== 1. Ajouter / Modifier / Supprimer un lot ==
+
+Pour ajouter, modifier ou supprimer un lot, vous avez plusieurs solutions :
+
+ * Si vous venez de saisir une nouvelle opération (à l’aide de Migration/Ajouter opération), cliquez ensuite sur « Modifier lots ».
+
+ * Si l’opération a déjà été enregistrée, cliquez alors sur Migration/Ajouter/Modif/Supp lots, puis sélectionnez ensuite l’opération dans laquelle vous souhaitez ajouter, modifier ou supprimer le lot en cliquant sur « Modifier lots ».
+
+
+[[BR]]
+__CONSEIL : Il est conseillé de raisonner comme suit :__
+
+ 1. Créer un nouveau lot :
+
+ * Le bouton « Ajouter Lot » créé un nouveau Lot.
+
+ * Le bouton « Ajouter échantillon » crée un nouveau sous-lot dans le lot sélectionné. Conceptuellement, un seul niveau de sous échantillonnage est possible, à la fois dans la base et dans l’interface.
+
+ * Le bouton « Modifier lot » permet de mettre à jour le lot sélectionné après une modification de ses informations (onglet « Information »).
+
+ * Le bouton « Annuler » permet le rechargement entier de la page.
+
+ * Le bouton « Ajouter opération » permet de créer une nouvelle opération à la suite de l’opération en cours pour ce dispositif.
+
+ * Le bouton « Incrémenter opération » permet d’ajouter une opération avec les mêmes informations que l'opération courante mais avec une période décalée. Si une opération a déjà été créée à la suite de l’opération courant, la création de cette nouvelle opération sera donc impossible.
+
+ * Les boutons lot « < » et « > » situés à droite permettent de naviguer entre les lots. Lorsqu’il n’y a plus de lot et que le bouton « > » est pressé, c’est le premier lot qui est affiché (parcours circulaire). Il en est de même avec les opérations en dessous.
+
+ 2. Modifier les caractéristiques du lot qui vient d’être créé (pathologies, marques, etc.).
+
+[[BR]]
+L'écran de saisie des lots et des caractéristiques associées se présente comme suit :
+
+  [[Image(source:stacomi/trunk/docs/trac/image045.jpg)]]  
+
+[[BR]]
+Sur cet écran, plusieurs choses :
+
+ * En haut, vous pouvez voir le détail de l’opération (le DC sur lequel elle a été réalisée, les dates de début et de fin). Vous pouvez également voir les lots et sous-lots (appelés « échantillons ») rattachés à cette opération : le lot 174934 est le lot père, les suivants dont l’idParent est 174934 sont les sous-lots associés.
+ * A droite de cet encart, vous pouvez voir l’effectif du lot sélectionné. Cet affichage est mis à jour dès que vous cliquez sur un lot ou un échantillon.
+
+Pour saisir un lot, cliquez sur « Ajouter lot ». Pour lui ajouter un sous-lot, cliquez sur « Ajouter échantillon ». Par défaut, le sous-lot ajouté a le même effectif (Quantité) que son lot-père, cliquez sur « Modifier lot » pour valider toute modification.
+
+[[BR]]
+[[Color(none,#2bc443,BASE DE DONNEES => Aperçu du lot 174934 (lot_effectif = 17) et de ses 17 sous-lots (lot_lot_identifiant = 174934) dans la table ''t_lot_lot'' :)]]
+
+  [[Image(source:stacomi/trunk/docs/trac/image060.jpg)]]  
+
+[[BR]]
+ * __En dessous de l'écran de saisie des lots se trouvent plusieurs fonctionnalités permettant de définir les caractéristiques d’un lot__ :
+
+ * __Informations__
+
+Définition des taxons et stades concernés, de l’effectif (ou la quantité) du lot, la méthode d’obtention, le devenir et un commentaire sur le lot.
+
+ [[Image(source:stacomi/trunk/docs/trac/image047.jpg)]]  
+
+[[BR]]
+ * __Taille Poids Stade__
+
+Permet une saisie rapide les caractéristiques de tailles, poids et stades : cette interface a été développée principalement pour saisir les tableaux contenant des données relatives aux civelles.
+
+ [[Image(source:stacomi/trunk/docs/trac/image049.jpg)]]  
+
+[[BR]]
+Pour ajouter une taille remplissez le champ « Valeur » situé sous « Longueur totale ». De même pour le poids et le stade.
+
+Pour une saisie plus rapide, vous pouvez naviguer entre ces différents champs à l’aide de la touche « Entrée ».
+
+[[BR]]
+[[Color(none,#2bc443,BASE DE DONNEES => Aperçu des caractéristiques de lot dans la table ''tj_caracteristiquelot_car'' :)]]
+
+ [[Image(source:stacomi/trunk/docs/trac/image048.jpg)]] 
+
+[[BR]] 
+Le poids du lot 174934 (car_lot_identifiant  = 174934) apparaît dans la colonne car_valeur_quantitatif, son code Sandre est A111 (voir la table[[Color(none,#2bc443,tg_parametre_par)]]).
+
+Grâce à l’onglet Caractéristiques décrit au paragraphe suivant, il est possible d’attribuer plusieurs paramètres quantitatifs et/ou qualitatifs à un même lot. C’est le cas du lot 174932 qui concerne une anguille argentée de 575mm (car_par_code = 1786), 340g (A111), avec des diamètres oculaires de 6.0 et 6.1mm (BBBB et CCCC sont des codes IAV) …
+
+[[BR]] 
+ * __Caractéristiques__
+
+MPD 2003.
+
+Saisie de diverses caractéristiques. Table regroupant les caractéristiques quantitatives et qualitatives d’un lot.
+
+ [[Image(source:stacomi/trunk/docs/trac/image051.jpg)]]  
+
+[[BR]]
+Entrez les caractéristiques une à une et cliquez sur « Ajouter/Modifier » pour écrire la nouvelle caractéristique. Pour mettre à jour, sélectionnez là dans la liste, modifiez ce qu’il faut et cliquez sur « Ajouter/Modifier ». Pour supprimer une caractéristique, sélectionnez-là puis cliquez sur « Supprimer ».
+
+Si la caractéristique activée est quantitative, saisissez la valeur dans le champ de texte ; si elle est qualitative, saisissez à l’aide de l’outil situé à coté.
+
+[[BR]]
+ * __Pathologies__
+
+Sandre : MCD station de contrôle des migrations du 16/06/1998.
+
+Pathologie constatée sur le lot. Donne une information sur le type et la localisation de la pathologie observée.
+
+ [[Image(source:stacomi/trunk/docs/trac/image053.jpg)]]  
+
+[[BR]]
+Ajouter une pathologie : sélectionnez la pathologie et la localisation anatomique, puis saisissez éventuellement un commentaire, puis cliquez sur « Ajouter/Modifier ».
+
+Modification d’une pathologie : sélectionnez-là dans la liste, modifiez ce que vous désirez puis cliquez sur « Ajouter/Modifier ».
+
+Suppression d’une pathologie : sélectionnez-là liste puis cliquez sur « Supprimer ».
+
+Annulation de la saisie : cliquez sur « Annuler ».
+
+[[BR]] 
+[[Color(none,#2bc443,BASE DE DONNEES => Aperçu des pathologies dans la table ''tj_pathologieconstatee_pco'' :)]]
+
+ [[Image(source:stacomi/trunk/docs/trac/image064.jpg)]]  
+
+[[BR]] 
+ * __Marques__
+
+Sandre : MCD station de contrôle des migrations du 16/06/1998 modif. 2003.
+
+Pose, lecture ou retrait d’une marque sur le lot. Sur cet écran, plusieurs choses :
+
+ * Liste des marques, correspondant à la référence de la marque, c’est-à-dire son code (fixé par l’utilisateur),
+ * Localisation anatomique, telle que définie dans la table référentielle des localisations anatomiques [[Color(none,#2bc443,tr_localisationanatomique_loc)]],
+ * Nature de la marque, telle que définie dans la table référentielle nature marque [[Color(none,#2bc443,tr_naturemarque_nmq)]],
+ * Opération de marquage recapture à laquelle cette marque est rattachée (ex opération d’ablation de l’adipeuse de 2007) [[Color(none,#2bc443,t_operationmarquage_omq)]].
+
+__Avant de rentrer une marque, il faut rentrer une opération de marquage recapture__, c'est-à-dire le contexte dans lequel se feront les lectures, pose, retraits de marques ainsi que les calculs ultérieurs concernant la population et les échappements au dispositif. Par exemple, une opération de pose de pit tag pourra se faire une année sur des smolts, et la lecture de leur marque à leur retour de l’océan se fera en référence à cette opération de marquage recapture. Lors de la lecture de la marque, après sélection de l’opération de marquage, il sera possible de disposer de la liste des marques dans l’interface. Le rattachement cohérent des marques à une opération de marquage permet aussi plus tard de faire des requêtes pour afficher l’ensemble des lots concernés par cette opération. Vous disposez de 30 caractères pour référencer l’opération de marquage, il serait bienvenu d’y noter l’année et la zone (ex : pit_tag_vilaine2008).
+
+ [[Image(source:stacomi/trunk/docs/trac/image055.jpg)]]  
+
+[[BR]]
+Ajout d’une marque : sélectionnez une action (« lecture », « pose » ou « retrait »). Dans le cas de la pose, entrez la référence de la marque, dans le cas de la pose sélectionnez la marque lue ou retirée
+
+Mise à jour d’une marque : sélectionnez-là dans la liste, modifier ce que vous souhaitez mettre à jour, puis cliquez sur « Ajouter/Modifier ».
+
+Suppression d’une marque : sélectionnez-là dans la liste puis cliquez sur « Supprimer ».
+
+Annulation de la saisie : cliquez sur « Annuler ».
+
+La référence de la marque est notée définitive, en cas d’erreur supprimez la marque et recréez là.
+
+[[BR]]
+ * __Prélèvement__
+
+Prélèvement effectué sur le lot : dans le cadre du suivi des populations de migrateurs, des prélèvements biologiques peuvent être effectués sur les poissons. Ces prélèvements peuvent être de différents types en fonction de l’objectif visé. Par exemple :
+
+ * Les écailles servent à déterminer l’âge.
+ * Une partie des nageoires peut être prélevée pour des analyses de type isotopique ou génétique.
+
+ [[Image(source:stacomi/trunk/docs/trac/image057.jpg)]]  
+
+[[BR]]
+Ajouter d’un prélèvement: saisissez le code du prélèvement (15 car. max.), l’opérateur, le type et la localisation du prélèvement ainsi qu’un éventuel commentaire, puis cliquez sur « Ajouter/Modifier »
+
+Mise à jour d’un prélèvement : sélectionnez-le dans la liste, modifier ce que vous souhaitez mettre à jour, puis cliquez sur « Ajouter/Modifier ».
+
+Suppression d’un prélèvement : sélectionnez-le dans la liste puis cliquez sur « Supprimer ».
+
+Annulation de la saisie : cliquez sur « Annuler ».
+
+[[BR]] 
+ * __Opération de marquage__
+
+MPD 2003.
+
+Une action de marquage peut avoir différents objectifs (estimation de l’efficacité d’un piège, suivi d’une population…). Elle consiste à apposer une marque (pit-tag, tatouage, ablation de tout ou partie d’une nageoire…) directement sur l’individu capturé au niveau d’une station de contrôle.
+
+  [[Image(source:stacomi/trunk/docs/trac/image059.jpg)]]  
+
+[[BR]]
+Ajouter d’une opération de marquage : la référence de l’opération, ainsi qu’un éventuel commentaire.
+
+Mise à jour d’une opération de marquage: sélectionnez-la dans la liste, modifier ce que vous souhaitez mettre à jour, puis cliquez sur « Ajouter/Modifier ».
+
+Suppression d’une opération de marquage: sélectionnez-la dans la liste puis cliquez sur « Supprimer ».
+
+Annulation de la saisie : cliquez sur « Annuler ».
+
+[[BR]]
+[[Color(none,#ab17df,ATTENTION : LE CALCUL DE LA MIGRATION EFFECTIVE NE SE FAIT PAS SUR LES ECHANTILLONS !)]]
+
+Par exemple, je fais migrer un lot de 30 aloses, j’en échantillonne 5 sur lesquelles je mesure les caractéristiques individuelles (taille poids…). Je les place en sous lot l’effectif compté sera de 30 et non pas 35.
+
+  [[Image(source:stacomi/trunk/docs/trac/image061.jpg)]]