Installation de Stacomi

Attention cette page fait référence à l'installateur de la version 0.2 (septembre 2009) qui n'est pour l'instant pas disponible sur la version 0.3. J'en ferai un si il y a beaucoup de nouvelles demandes...

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L’installation s’effectue à l’aide de l’installateur stacomi_setup.exe. Les répertoires d’installations n’étant pas paramétrable par l’utilisateur, l’installation s’effectue en quelques clics. Plusieurs composants sont installés

L’installateur installe plusieurs choses :

• Stacomi : l’interface de saisie des données.
• R 2.10.1 : l’interface d’exploitation des données.
• PostgreSQL : le système de gestion de base de données relationnelle. Permet la création et l’exploitation de la base de données.

1. Stacomi

Stacomi est le programme permettant de saisir les données. Il est implémenté en Java. Lors de l’installation, il est installé dans le répertoire C:/Program Files/stacomi. Un raccourci est ajouté sur le bureau pour le lancement rapide.

2. R 2.10.1

Le logiciel R v2.10.1 est installé par l'installateur dans C:/Program Files/R.

R est utilisé pour l’exploitation des données, en particulier pour la génération de graphiques et d’export de fichier au format *.csv. Pour l’utiliser, exécutez R à l’aide du raccourci créé sur le bureau. Ensuite dans la console R, tapez :
· library(stacomi)
· stacomi()

La fenêtre intitulée « Traitement migrateur » apparaît. Pour obtenir de l’aide sur ce programme, consultez la section StacomiR

3. PostgreSQL 8.4

PostgreSQL est l’outil permettant d’administrer la base de données. Il est indispensable au fonctionnement des applications. Il permet de gérer la base de données (création, suppression, modification). La base de donnée est administrable en direct à l’aide du programme pgAdminIII,

Ce dernier comporte un serveur (distant ou en localhost), double cliquer dessus pour voir les bases de données

Le programme permet :

• d’afficher les données d’une table.
• de sélectionner puis d’exporter certaines données (bouton sql puis requête).
• d’afficher des vues (qui sont des sortes de requêtes permanentes affichées sous forme de table).
• de mettre à jour la base (à partir d’un programme SQL que je pourrais distribuer).
• de gérer des fonctions trigger qui effectuent des vérifications lors de l’inscription d’une donnée dans une base.
• de gérer des contraintes.

La lecture du code de chaque table peut apporter des renseignements précieux sur son fonctionnement… Il existe plusieurs types de tables :

• Celles qui commencent par t_ sont des tables de saisie normal.
• Celles qui commencent par tr_ sont des tables référentielles, beaucoup des référentiels présents ici seront gérés par le SANDRE.
• Celles qui commencent par tj_ sont des tables de jointures.
• Celles qui commencent par tg sont des tables de regroupement rassemblant deux tables du modèle conceptuel (par exemple les dispositifs de comptage et de franchissement sont rassemblés dans une table dispositifs).
• Enfin les tables système ts_ Ces tables sont utilisées pour des besoins logiciels (par exemple la correspondance entre les codes de taxon vidéo et les taxons) ou la liste des séquences autoincrémentées.

Les noms résumés des tables sont rajoutés en fin de table et repris dans les noms de colonne. C’est assez pratique quand on doit écrire les requêtes pour se souvenir du code. Par exemple lot_identifiant correspond à l’identifiant de la table lot, lot_ope_identifiant à l’identifiant de l’operation stocké dans la table lot.

Pour sauvegarder une base de données cliquer sur la base (clic droit) puis sauvegarder.

Pour restaurer une base, sous l’onglet base de données, clic droit, ajouter une base de données. Attention la base doit avoir le même nom (BD_CONTMIG_LOCAL) à moins de modifier les liens ODBC et les fichiers XML contenant les chaines de connexion (voir 5. Les fichiers XML)

Le manuel de postgres est disponible sur internet. Il comprend notamment toutes les informations sur le code SQL.

4. Licence

Le programme STACOMI est sous la licence GPL, c'est-à-dire qu’il est libre de droit, et peut être modifié et redistribué gratuitement par quiconque. Mais il ne peut pas être vendu !

5. Les fichiers XML

Les deux programmes Stacomi (R et JAVA) utilisent les fichiers xml inscrits dans C:/Program files/stacomi pour gérer les connections à la base de donnée. Ces fichiers peuvent être édités à l’aide d’un éditeur de texte pour modifier les paramètres de la chaine de connexion.

6. Le lien ODBC

Panneau de configuration>outil d’administration> source de données ODBC. Cliquez sur le bouton test pour tester la connexion. C’est le nom de la connexion qui est stocké dans le fichier XML calcmig.xml.

sur un systeme 64bit, les drivers 32 bits ne s'affichent pas, il faut faire

touche windows + R (commande exécuter)
puis taper : c:\windows\syswow64\odbcad32.exe
et ajouter le driver comme ci-dessus

7. Besoin d’aide ?

Si vous avez des problèmes, des questions, des suggestions, contacter Cédric Briand, Institution d’aménagement de la Vilaine à l’adresse