Bilan des caractéristiques de lots : densités de taille des aloses en migration

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• Lancez un Bilan -> Parm. de Lot .

• Je choisis de faire un bilan de la taille des aloses en vidéo comptage.

• Dans le menu déroulant apparaissent l'ensemble des taxons existant sur le dispositif (quel que soit la date), puis les stades de ce taxon, et les caractéristiques existant pour ce taxon. Ces onglets permettent de vérifier que vous n'avez pas rentré de stades incohérents (ex : à la fois géniteur et indéterminé alors que vous n'avez que des géniteurs).

• Cliquez sur le bouton calcul .

• Cliquez sur le bouton ggplot . L'interface ggplot2gr s'ouvre.

• Cliquez sur le bouton geom<>stat . Ce bouton permet de passer du traitement de géométries à des traitements statistiques (c'est à dire qui vont réaliser des transformations de données, les exemples de traitement sont disponibles à l'adresse suivante ​http://had.co.nz/ggplot2/).

• Choisissez stat > density , x> val_quant (la valeur quantitative de lot choisie, ici les tailles_vidéo), position > Stack c'est à dire que vous "empilez les couches", et fill > annee pour différencier les années si il y en a plusieurs.

• Cliquez sur >utilitaire>newgraph pour faire apparaitre le graphique dans une nouvelle fenêtre graphique.

• Cliquez sur graph. (deux fois pour le premier bilan, il y un petit bug)

• L'interface vous copie dans la fenêtre et directement dans R la formule suivante :

  p+stat_density(aes(x=val_quant,fill=annee),position='stack')+facet_grid(. ~ .)
  

• Ajoutons un titre et des légendes (attention requiert ggplot version >0.8.5) :

   p+stat_density(aes(x=val_quant,fill=annee),position='stack')+facet_grid(. ~ .)+
  opts(title="Structure en taille des Aloses",labels = c(x = "Tailles (mm)", y = "Densite",annee="Annees"))+
   annotate("text",x = 300, y = 0.07, label = "essai == 1",  parse = T, vjust = 0, hjust = 0)
  

• essai =2

  display.brewer.all()
  # affiche les palettes disponibles
  

  p+stat_density(aes(x=val_quant,fill=annee),position='stack')+facet_grid(. ~ .)+
  		opts(title="Structure en taille des Aloses",labels = c(x = "Tailles (mm)", y = "Densite",annee="Annees"))+
  		annotate("text",x = 300, y = 0.07, label = "essai == 2",  parse = T, vjust = 0, hjust = 0)+
  		scale_fill_brewer(palette = "Set3")
  

• essai = 3

  p+stat_density(aes(x=val_quant,fill=annee),position='stack')+facet_grid(. ~ .)+
  		opts(title="Structure en taille des Aloses",labels = c(x = "Tailles (mm)", y = "Densite",annee="Annees"))+
  		annotate("text",x = 300, y = 0.07, label = "essai == 3",  size=10, parse = T, vjust = 0, hjust = 0,col="red")+
  		scale_fill_brewer(palette = "Spectral")
  

• essai = 4

  couleurs=rainbow(12)
  p+stat_density(aes(x=val_quant,fill=annee),position='stack')+facet_grid(. ~ .)+
  		opts(title="Structure en taille des Aloses",labels = c(x = "Tailles (mm)", y = "Densite",annee="Annees"))+
  		annotate("text",x = 300, y = 0.07, label = "essai == 4",   parse = T, vjust = 0, hjust = 0,col="darkblue")+
  		scale_fill_manual(values = couleurs)
  

Utilisation du facettage

• J'ai relancé l'application (pour effacer les objets en mémoire) à l'aide de stacomi(), puis j'ai choisi un nombre plus réduit d'années (2005-2008),
  • choix geom > histogram
  • couleur > annee (la bordure)
  • fill > annee (le fond)
  • alpha > 0.2 (la transparence)

    # La console écrit :
    [1] "p+geom_histogram(aes(x=val_quant,colour=annee,fill=annee),,alpha='0.2'position='identity')+facet_grid(. ~ .) \n"
    stat_bin: binwidth defaulted to range/30. Use 'binwidth = x' to adjust this.
    

• essai =5

  p+geom_histogram(aes(x=val_quant,colour=annee,fill=annee),alpha='0.2',position='identity')+
  opts(title="Structure en taille des Aloses Essai 5",labels = c(x = "Tailles (mm)", y = "Effectif",annee="Annees"))
  

• essai=6 (note la conversion pixel taille se traduit par une discontinuité en choisissant un intervalle de 5 mm (binwidth=5), on voit des trous dans les intervalles qui sont lié à l'utilisation du logiciel de vidéocomptage... )

  p+geom_histogram(aes(x=val_quant,fill=mois),binwidth=5,position='stack')+
  opts(title="Structure en taille des Aloses Essai 6",labels = c(x = "Tailles (mm)", y = "Effectif",mois="mois"))+
  facet_grid(annee ~ .,scales = "free", space="free")+scale_fill_brewer(palette="Set1")
  

• essai=7

  p+geom_point(aes(x=annee,y=val_quant),alpha=1,position="jitter")+stat_boxplot(aes(x=annee,y=val_quant),colour="red",fill="blue",outlier.colour="red",alpha=0.4)+
  		opts(title="Structure en taille des Aloses Essai 7",
  				labels = c(x = "Annee", y = "Taille"))
  

  

script pour Brice pour avoir la structure en taille + un bilan interannuel dans la même fenêtre

On reprend l'exemple de tout à l'heure avec la formule suivante

p+stat_density(aes(x=val_quant,fill=annee),position='stack')+facet_grid(annee ~ .) +
		opts(title="Structure en taille des Aloses essai 8",labels = c(x = "Tailles (mm)", y = "Densite",annee="Annees"))+
		scale_fill_brewer(palette = "Spectral")

• essai =8

Brice veut le détail des années + un graphique qui fait le bilan de toutes les années. Pour faire ça il faut récupérer le jeu de données qui se trouve à l'intérieur de p, le modififier et le repasser à l'objet p.

donnees<-p[["data"]] # on récupère les données.
donnees$annee1<-donnees$annee # on crée une nouvelle variable annee1.
copie_de_donnees<-donnees # on copie le jeu de données.
copie_de_donnees$annee1<-"all" #dans ce nouveau jeu, on remplace les valeurs des annees par "all"
p<-p%+%rbind(donnees,copie_de_donnees) # on raboute le nouveau et l'anciens jeu (fonction rbind = row bind, coller les lignes)
# la formule %+% permet de remplacer le jeu de données dans un objet de type ggplot.
p+stat_density(aes(x=val_quant,fill=annee),position='stack')+facet_grid(annee1 ~ .,scales="free") +
		opts(title="Structure en taille des Aloses essai 8",labels = c(x = "Tailles (mm)", y = "Densite",annee="Annees"))+
		scale_fill_brewer(palette = "Spectral")