Bilan des caractéristiques de lots : densites de taille des aloses en migration

• Lancer un Bilan -> Parm. de Lot .
• Je choisis de faire un bilan de la taille des aloses en vidéo comptage.
• Dans le menu déroulant apparaissent l'ensemble des taxons existant sur le dispositif (quel que soit la date), puis les stades de ce taxon, et les caractéristiques existant pour ce taxon. Ces onglets permettent de vérifier que vous n'avez pas rentré de stades incohérents (ex : à la fois géniteur et indéterminé alors que vous n'avez que des géniteurs)

• cliquez sur le bouton ggplot . L'interface ggplot2gr s'ouvre

• cliquez sur le bouton geom<>stat . Ce bouton permet de passer du traitement de géométries à des traitements statistiques (c'est à dire qui vont réaliser des transformations de données, les exemples de traitement sont disponibles à l'adresse suivante ​http://had.co.nz/ggplot2/)
• choisissez stat > density , x> val_quant (la valeur quantitative de lot choisie, ici les tailles_vidéo), position > Stack c'est à dire que vous "empilez les couches".
• cliquez sur >utilitaire>newgraph pour faire apparaitre le graphique dans une nouvelle fenêtre graphique
• cliquez sur graph. (deux fois pour le premier bilan, il y un petit bug)

• L'interface vous copie dans la fenêtre et directement dans R la formule suivante :

  p+stat_density(aes(x=val_quant,fill=annee),position='stack')+facet_grid(. ~ .)
  

• Ajoutons un titre et des légendes (attention requiert ggplot version >0.8.5) :

   p+stat_density(aes(x=val_quant,fill=annee),position='stack')+facet_grid(. ~ .)+
  opts(title="Structure en taille des Aloses",labels = c(x = "Tailles (mm)", y = "Densite",annee="Annees"))+
   annotate("text",x = 300, y = 0.07, label = "essai == 1",  parse = T, vjust = 0, hjust = 0)
  

• essai =2

  display.brewer.all()
  # affiche les palettes disponibles
  

  p+stat_density(aes(x=val_quant,fill=annee),position='stack')+facet_grid(. ~ .)+
  		opts(title="Structure en taille des Aloses",labels = c(x = "Tailles (mm)", y = "Densite",annee="Annees"))+
  		annotate("text",x = 300, y = 0.07, label = "essai == 2",  parse = T, vjust = 0, hjust = 0)+
  		scale_fill_brewer(palette = "Set3")
  

• essai = 3

  p+stat_density(aes(x=val_quant,fill=annee),position='stack')+facet_grid(. ~ .)+
  		opts(title="Structure en taille des Aloses",labels = c(x = "Tailles (mm)", y = "Densite",annee="Annees"))+
  		annotate("text",x = 300, y = 0.07, label = "essai == 3",  size=10, parse = T, vjust = 0, hjust = 0,col="red")+
  		scale_fill_brewer(palette = "Spectral")
  

• essai = 4

  couleurs=rainbow(12)
  p+stat_density(aes(x=val_quant,fill=annee),position='stack')+facet_grid(. ~ .)+
  		opts(title="Structure en taille des Aloses",labels = c(x = "Tailles (mm)", y = "Densite",annee="Annees"))+
  		annotate("text",x = 300, y = 0.07, label = "essai == 4",   parse = T, vjust = 0, hjust = 0,col="darkblue")+
  		scale_fill_manual(values = couleurs)
  

Utilisation du facettage

• J'ai relancé l'application (pour effacer les objets en mémoire) à l'aide de stacomi(), puis j'ai choisi un nombre plus réduit d'années (2005-2008),
  • choix geom > histogram
  • couleur > annee (la bordure)
  • fill > annee (le fond)
  • alpha > 0.2 (la transparence)

    # la console écrit
    [1] "p+geom_histogram(aes(x=val_quant,colour=annee,fill=annee),,alpha='0.2'position='identity')+facet_grid(. ~ .) \n"
    stat_bin: binwidth defaulted to range/30. Use 'binwidth = x' to adjust this.
    

• essai =5

  p+geom_histogram(aes(x=val_quant,colour=annee,fill=annee),alpha='0.2',position='identity')+
  opts(title="Structure en taille des Aloses Essai 5",labels = c(x = "Tailles (mm)", y = "Effectif",annee="Annees"))
  

• essai=6 ( note la conversion pixel taille se traduit par une discontinuité en choisissant un intervalle de 5 mm (binwidth=5))

  p+geom_histogram(aes(x=val_quant,fill=mois),binwidth=5,position='stack')+
  opts(title="Structure en taille des Aloses Essai 6",labels = c(x = "Tailles (mm)", y = "Effectif",mois="mois"))+
  facet_grid(annee ~ .,scales = "free", space="free")+scale_fill_brewer(palette="Set1")
  

• Essai=7

  p+geom_point(aes(x=annee,y=val_quant),alpha=1,position="jitter")+stat_boxplot(aes(x=annee,y=val_quant),colour="red",fill="blue",outlier.colour="red",alpha=0.4)+
  		opts(title="Structure en taille des Aloses Essai 7",
  				labels = c(x = "Annee", y = "Taille"))