Procédure de construction du package 13/mars 2010

Note : ce fichier est pour mémoire pour Writing R extensions : ​http://www.google.com/url?sa=t&source=web&ct=res&cd=3&ved=0CBAQFjAC&url=http%3A%2F%2Fyusung.blogspot.com%2F2006%2F12%2Fmaking-r-packages-under-windows_10.html&ei=N46bS-GxCdCy4Qab3K1S&usg=AFQjCNEZfX4h5mf1jCDqWNv-oe_4b8213A&sig2=3vtQxA5MBrJL5vdhg_zixg
La source R : ​http://cran.us.r-project.org/doc/manuals/R-exts.pdf[[BR]] Making R packages under windows : ​http://www1.appstate.edu/~arnholta/Software/MakingPackagesUnderWindows.pdf[[BR]]

1. supprimer prog/STACOMIR03 (sinon garde l'ancienne version!!)
2. Lancer package.build.R (crée dans le working directory)pour les deux (seulement les parties package.skeleton)
3. Copier le fichier DESCRIPTION
4. Lancer la commande (après avoir chargé roxygenize.ced) dans stacomiR_oxygenize.r
   

roxygenize.ced est une modif verbeuse et qui permet d'éviter les classes héritée qui font planter le pg. Pour résumer

• les fonctions sont bien documentées à l'aide d'éclipse et Roxygen,
• tout ce qui concerne les classes S4 ne fonctionne pas,
• => Il faut donc copier les fichiers .Rd correspondant aux fonctions dans StacomiR03Ox/man mais pas ceux correspondant aux classes S4 (fichiers -class.Rd et -methods.Rd) qui sont à récupérer dans le répertoire StacomiR03/man ou ils ont été créés par la fonction package.skeleton. Pour les classes il faut reprendre les commentaire (titre, description ...) depuis les fichiers Rd dans prog/STACOMIR03Ox/man et les copier vers le fichier prog/man (en controle de source). Cette action n'est à réaliser que pour les nouvelles classes, les anciennes sont déjà documentées.
• Une fois que la doc est clean la copier depuis le fichier prog/man (en controle de source) vers stacomiR03/man qui va servir de base à la construction du package.
• Supprimer le fichier read_and_deleteme constitué par la fonction package.skeleton

  roxygenize.ced(package.dir="prog/STACOMIR03",roxygen.dir='prog/STACOMIR03Ox',
  		copy.package=FALSE,overwrite=TRUE,unlink.target=FALSE,use.Rd2=FALSE,
  avoid=c("BilanMigrationPar.r",
          "PasDeTempsJournalier.r",
          "Refparqual.r",
  	"Refparquan.r",
  	"RequeteODBC.r",
  	"RequeteODBCwhere.r",
  	"RequeteODBCwheredate.r"))
  

5. Remplacer le contenu de ggplot2usr-package par celui de ggplot2usr.Rd de ggplot2usrpk
6. Rcmd check <repertoire> ou run External tool check vérifier la configuration

(version+ pointer vers le repertoire construit lors des procédures précédentes)

dans project external tools) ! Attention les install.out sont écrit dans le répertoire d'éclipse pas dans le working directory

7. Rcmd build c:/base/stacomi
8. Rcmd INSTALL stacomi_0.2.tar.gz : ...Le tar.gz est mis dans bin
9. Pour faire un windows distribuable il faut ensuite compresser le répertoire stacomi dans C:\Program Files\R\R-2.9.1\library\
10. L'installation en mode commande se fait avec R.exe -f stacomi.zip