== Procédure de construction du package 13/mars 2010 ==


Retour à la page de démarrage [..]

Note : ce fichier est pour mémoire pour Cédric
 ''' Références : ''' 
La source R : http://cran.us.r-project.org/doc/manuals/R-exts.pdf [[BR]]
Making R packages under windows : http://www1.appstate.edu/~arnholta/Software/MakingPackagesUnderWindows.pdf [[BR]]

 ''' Cookbook ''' 
 1. supprimer ''' prog/STACOMIR03 '''(sinon garde l'ancienne version!!) 
 2. Lancer ''' package.build.R ''' (crée dans le working directory)pour les deux (seulement les parties package.skeleton)
 3. Copier le fichier ''' DESCRIPTION ''' mettre à jour les numéros de licence et les dates dans DESCRIPTION et dans man/stacomiR-package.Rd
 4. Lancer la commande (après avoir chargé roxygenize.ced) dans stacomiR_oxygenize.r[[BR]]
roxygenize.ced est une modif verbeuse et qui permet d'éviter les classes héritée qui font planter le pg. Pour résumer
 * les fonctions sont bien documentées à l'aide d'éclipse et Roxygen,
 * tout ce qui concerne les classes S4 ne fonctionne pas,
 * => Il faut donc copier les fichiers .Rd correspondant aux fonctions dans StacomiR03Ox/man mais pas ceux correspondant aux classes  S4 (fichiers -class.Rd et -methods.Rd) qui sont à récupérer dans le répertoire StacomiR03/man ou ils ont été créés par la fonction package.skeleton. Pour les classes il faut reprendre les commentaire (titre, description ...) depuis les fichiers Rd dans prog/STACOMIR03Ox/man et les copier vers le fichier prog/man (en controle de source). Cette action n'est à réaliser que pour les nouvelles classes, les anciennes sont déjà documentées.
 * Une fois que la doc est clean la copier depuis le fichier prog/man (en controle de source) vers stacomiR03/man qui va servir de base à la construction du package.
 * Supprimer le fichier read_and_deleteme constitué par la fonction package.skeleton
{{{
roxygenize.ced(package.dir="prog/STACOMIR03",roxygen.dir='prog/STACOMIR03Ox',
		copy.package=FALSE,overwrite=TRUE,unlink.target=FALSE,use.Rd2=FALSE,
avoid=c("BilanMigrationPar.r",
        "PasDeTempsJournalier.r",
        "Refparqual.r",
	"Refparquan.r",
	"RequeteODBC.r",
	"RequeteODBCwhere.r",
	"RequeteODBCwheredate.r"))
}}}
 5. Remplacer le contenu de ggplot2usr-package par celui de ggplot2usr.Rd de ggplot2usrpk
 6. Rcmd check <repertoire> ou run>External tool>check [[BR]]
Cette Commande permet de vérifier que les infos nécessaires à la construction du package (RBuild) sont présentes...
 (dans eclipse vérifier la configuration version+ pointer vers le repertoire construit lors des procédures précédentes dans project external tools) [[BR]]
Vérifier que les arguments working directory (onglet Rconfig) 
{{{
${workspace_loc:/STACOMIR0.3/prog/STACOMIR03}
}}}
et package directory (onglet main) sont :
{{{
${workspace_loc:/STACOMIR0.3}
}}}
Les résultats de l'installation (fichier install00.out et 00cjheck.log sont écrits dans le répertoire
{{{
STACOMIR03.Rcheck
}}}
Cette commande plante généralement au chargement des dépendances et je ne sais pas pourquoi...
{{{
* install options are ' --no-html'
* installing *source* package 'stacomiR' ...
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
Chargement de Tcl/Tk... terminé
Loading required package: grid
Loading required package: reshape
Loading required package: plyr
Loading required package: digest
Avis dans gzfile(file, mode) :
  impossible d'ouvrir le fichier compressé 'C:\DOCUME~1\cedric\LOCALS~1\Temp\RtmphMvUe6/libloc_C%3a%2fDOCUME%7e1%2fcedric%2fMESDOC%7e1%2fMIGRAT%7e1%2fPROGRA%7e1%2fWORKSP%7e1.5%2fSTACOM%7e1.3%2fprog%2fSTACOM%7e1.RCHVersion,Priority,Bundle,Contains,Depends,Imports,LinkingTo,Suggests,Enhances,OS_type,License,Built.rds', cause probable : 'No such file or directory'
Error in gzfile(file, mode) : impossible d'ouvrir la connexion
Error : .onLoad failed in 'loadNamespace' for 'gWidgets'
Error : package 'gWidgets' could not be loaded
ERROR: lazy loading failed for package 'stacomiR'
* removing 'C:/DOCUME~1/cedric/MESDOC~1/MIGRAT~1/PROGRA~1/WORKSP~1.5/STACOM~1.3/prog/STACOM~1.RCH/stacomiR'
}}}
Cette erreur n'empêche pas de passer à l'étape ultérieure
 7. Rcmd build c:/base/stacomi ou via eclipse run>External tool>check configurer comme Rcmd Check ci dessus. Cette étape permet notamment de vérifier les fichiers de documentation [[BR]] [[BR]]
 [[Image(source:stacomi/trunk/docs/trac/R-cmd-check.jpg,800px)]]
 8. Rcmd INSTALL stacomi_0.2.tar.gz : ...Le tar.gz est mis dans bin ou id dans eclipse
  On peut aussi lancer build dans eclipse avec les options --binary et --auto-zip
 9. Pour faire un windows distribuable il faut ensuite compresser le répertoire stacomi dans  C:\Program Files\R\R-2.9.1\library\
 10. L'installation en mode commande se fait avec R.exe -f stacomi.zip ou Rcmd install dans eclipse