Création de rapports automatiques

[cedric]

C'est une demande de Gaëlle et de David...
Il faut donc bien que je m'y mette....

Sera fait en openoffice au format .odt.
Principales difficultés
Passer les graphiques et les résultats des commandes qui sont appellées par les fonctions d'interface
Choisir les champs d'entrée (taxons, stades, dates...) et les rendre accessible à l'utilisateur lors de l'édition des rapport odt pour ses besoins personnels
Maitriser la syntaxe et la mise en forme
Définir les besoins en terme de traitement de sortie (Gaëlle a déjà fait un rapport de ce qu'il fallait pour les stations de contrôle, je vais m'en inspirer

[cedric]

Modification de l'interface pour charger ou non l'interface graphique au départ. Note le lancement de sans interface graphique supposera que le fichier xml définissant le nom du lien ODBC et l'utilisateur et le mot de passe soient corrects...
Correction d'un bug, le choix du mot de passe et du nom d'utilisateur faits par l'utilisateur n'étaient pas assignés dans l'environnement global, c'est ballot...

[cedric]

load_BilanMigration=function(datedebut,dc,taxon,stade){

bilanMigration=new("BilanMigration?")
assign("bilanMigration",bilanMigration,envir = .GlobalEnv?)
fonctionnementDC=new("BilanFonctionnementDC")
assign("fonctionnementDC",fonctionnementDC,envir = .GlobalEnv?)
bilanMigration@taxons=charge(bilanMigration@taxons)
bilanMigration@stades=charge(bilanMigration@stades)
bilanMigration@dc=charge(bilanMigration@dc)
# here manual choice and assignation in envir_stacomi as then usual methods can be used
pasDeTemps<-setdateDebut(bilanMigration@pasDeTemps,datedebut)
pasDeTemps@nbPas<-365
assign("pasDeTemps",pasDeTemps,envir_stacomi)
bilanMigration@dc@dc_selectionne<-as.integer(dc)
bilanMigration@dc@ouvrage= bilanMigration@dc@data$dif_ouv_identifiant[bilanMigration@dc@data$dc%in%bilanMigration@dc@dc_selectionne]
assign("refDC",bilanMigration@dc,envir_stacomi)
bilanMigration@taxons@data<-bilanMigration@taxons@data[bilanMigration@taxons@data$tax_code%in%taxon,]
assign("refTaxons",bilanMigration@taxons,envir_stacomi)
bilanMigration@stades@data<-bilanMigration@stades@data[bilanMigration@stades@data$std_code%in%stade,]
assign("refStades",bilanMigration@stades,envir_stacomi)

}

[cedric]

Problèmes pour l'instant avec le package xml dans odfsweave et pas de possibilité de le règler (pb windows)...

library(odfWeave)
#odfWeave("Bilan_migration.odt","Bilan_migration_out.odt")
h=0 # h est un handler, il en faut un par défaut quand on appelle les fonctions
datedebut="2008-01-01 00:00:00"
dc=6 
taxon=2038 # anguille
stade='CIV'
# ici le code pour écrire un Bilan Migration complètement de l'exterieur avec les options
library(stacomiR)
source("prog/interface/interface_graphique.R")
source("prog/inerfaces/interface_BilanMigration.R")
setwd("C:/Documents and Settings/cedric/Mes documents/Migrateur/programmes/workspace3.5/various/sweave")
odfWeave("Bilan_migration.odt", "Bilan_migration_out.odt")

[cedric]

Et en plus ça plante avec la dernière version de Openoffice 3.2....
Dommage

[cedric]

C'était un conflit avec la librairie R2HTML, et probablement un problème de version de XML. Il semble que à part un petit bug à l'ouverture des doc openoffice, ce soit OK, Je continue donc...

[cedric]

Les essais (dans "E:/workspace/p/sweave") fonctionnent, mais le package odfSweave ne build pas sous R.
Pour une raison inconnue, install.packages("odfWeave", repos="​http://R-Forge.R-project.org") ne fonctionne pas, stacomiR non plus pour l'instant.
L'idée est là, il faudra probablement modifier les fonctions d'interface pour qu'elles appellent automatiquement les packages avec des arguments.

[cedric]

Commentaire du travail avec Marion 2015
En effet il faut passer par des fonctions graphiques parallèles à l'interface, les principales fonctions seront développées comme méthode de classe, et donc maintenues en terme de code à la fois pour l'interface graphique et pour la ligne de commande.

[cedric]

2016
essais : il est possible de passer par Makdown, ca devrait permettre de produire du doc quoi que pas simplement
Je pense que le mieux est de passer par Sweave. Essai concluant