wiki:dbeel

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Description

Pour le projet POSE, une base de données a été développée par Laurent Beaulaton, François Gatel et Erik Baglinière de l’ONEMA (data provider dans le projet POSE).
L'intégration des données dans la DBeel des différents pays européens a été en partie effectuée par Cédric Briand de l’IAV.
Ainsi les données françaises, espagnoles, irlandaises ont déjà été intégrées. Il reste à intégrer les données anglaises. Et il faudrait aussi intégrer les données de l'INRA et le l'IAV sur les migrations, les données de captures. Il reste probablement à programmer quelques vues pour sortir par exemple un tableau avec les toutes les données par passage.
Les infos sur l'intégration des données sont sous le trac ​http://trac.eptb-vilaine.fr:8066/trac/wiki/dbeel avec francois et francois* comme code et mot de passe d'accès.

Scripts de creation ONEMA

inserting BDMAP

I already have a dump of the BDMAP somewhere so I'm just saving it and will use it to insert data into the debile. 

sauvegarde
cd C:\eda\backup
C:\"Program Files"\PostgreSQL\8.4\bin\pg_dump  -U postgres -p 5433 --schema=bdmap BDMAP> bdmap.bdmap.sql
restauration
C:\"Program Files"\PostgreSQL\8.4\bin\psql -U postgres -d dbeel -p 5433 -f bdmap.bdmap.sql

BDMAP changes by cedric

changeset:2485 download of base modif from Laurent, the 10 files above
changeset:2486 in the script I first include dbeel.establishment and data.provider, and I'm not copying from .csv files anymore, station finished
changeset:2487 finishing changes in electrofishing, changes brought to operation
changeset:2488 finishing changes in operations
changeset:2489 included number in optaxon; added stages to batch.
changeset:2490 optaxon, passtaxon batch.
changeset:2491 lotpeche
changeset:2492 lotpeche mensurationindiv

inserting Western River Basin District (Ireland)

REM sauvegarde
cd C:\eda\backup
C:\"Program Files"\PostgreSQL\8.4\bin\pg_dump  -U postgres -p 5433 --schema=wrbd -T wrbd.irish_catchments -T wrbd.irish_lakes -T wrbd.irish_water_bodies -T wrbd.outline_of_ireland -T wrbd.wfd_lakesegment_we -T wrbd.wfd_riversegment_we -T wrbd.wfd_riversubbasins_we eda2.0> eda2.0.wrbd.sql
REM restauration, restoring the whole schema preserves indexes and foreign keys
C:\"Program Files"\PostgreSQL\8.4\bin\psql -U postgres -d dbeel -p 5433 -f eda2.0.wrbd.sql

changeset:2494 wrbd
changeset:2495 wrbd batch and biological characteristics integrated stopped at migration monitoring
changeset:2496 wrbd finished

inserting Oria (Spain)

REM sauvegarde
cd C:\eda\backup
C:\"Program Files"\PostgreSQL\8.4\bin\pg_dump  -U postgres -p 5433 --schema=oria  eda2.0> eda2.0.oria.sql
REM restauration, restoring the whole schema preserves indexes and foreign keys
C:\"Program Files"\PostgreSQL\8.4\bin\psql -U postgres -d dbeel -p 5433 -f eda2.0.oria.sql

changeset:2498 oria
there are some other fishes not integrated yet 

sauvegarde
cd C:\eda\backup
C:\"Program Files"\PostgreSQL\8.4\bin\pg_dump  -U postgres -p 5433 dbeel> dbeel_02012010.sql
restauration
C:\"Program Files"\PostgreSQL\8.4\bin\psql -U postgres -d dbeel -p 5433 -f dbeel_02012010.sql

inserting ANGLIAN (All data from UK database)

changeset:3496 anglian

  • Integration of english data for electrofishing
  • anglian.station all stations
  • anglian.operation contains all operations
  • anglian.electrofishing all electrofishing but not other surveys
  • anglian.batchope all operations
  • anglian.batchfish all fishes
  • anglian.mensurationindiv_biol_charac data for fish length and weight
  • three kind of stages are entered at the batch level. Glass eel, Yellow eel, and glass yellow and silver mixed.
  • The data for gear fishing are still to be integrated at line 1102
  • I've kept the example of western to do that. 
    sauvegarde
F:
cd F:\IAV\eda\backup
C:\"Program Files"\PostgreSQL\9.0\bin\pg_dump  -U postgres -p 5432 dbeel> dbeel_13072010.sql
restauration
C:\"Program Files"\PostgreSQL\8.4\bin\psql -U postgres -d dbeel -p 5433 -f dbeel_13072010.sql

saving for Alan 

C:\"Program Files"\PostgreSQL\8.4\bin\pgsql2shp -f "C:\eda\exports_shape\dbeel.observation_places" -p 5433 -u postgres -P postgres -g the_geom -r -k dbeel "select * from dbeel.observation_places where the_geom is not null";"

select count(*) from dbeel.biological_characteristic;--400000
select count(*) from dbeel.observations;--27000
select count(*) from dbeel.observation_places;--11271
select count(*) from dbeel.biological_characteristic;--402000
select count(*) from dbeel.observations;--27000
select count(*) from dbeel.observation_places;--11271
Last modified 14 years ago Last modified on Jul 13, 2011 9:23:40 PM